配体预处理
1. 配体预处理概述
配体预处理模块主要用于帮助用户清洗小分子。该模块提供了常规的小分子预处理方式，包括去除未连接的基团(包括金属离子、盐离子)、保留最大的分子碎片、质子化(中性或离子状态)和加氢、生成异构体（包括离子异构体、同分异构体和立体异构体），以及能量最小化。在我们平台上配体预处理的页面上，默认选择的均为当前最优参数，用户也可根据自己的知识去选择适合的参数。
2. 使用说明
用户只需要四个步骤就可以完成计算：确定输入方式(默认为上传文件)-确定预处理参数-任务命名(可忽略)-提交任务(必点)。
(1) 输入方式
平台提供了两种数据输入方式：上传文件和数据中心。
- 上传文件
复选框选中“上传文件”，通过点击下方按钮选择本地文件即可。选择完文件以后，该文件名称将显示在按钮上，右边将显示文件内容。
当前支持的文件格式: .sdf/.csv；如上传 sdf 文件，则可直接进入下一步，如上传 csv 文件，则需指定 smiles 列。
文件大小不超过 10MB。
- 数据中心
复选框选中“数据中心”，通过点击下方按钮页面出现弹窗，点击文件名称来选择数据中心的数据，点击完之后弹窗消失，即可提交任务。
图 1. 输入方式——上传文件/数据中心
(2) 确定预处理参数
- 结构清洗
该步骤主要用于去除未连接的基团(包括金属离子、盐离子)、保留最大的分子碎片。默认情况下是勾选的。
- 生成异构体
当前平台默认对上传的分子进行枚举【开关状态为“开”】，以生成更多的异构体，包括离子异构，同分异构和立体异构。当开关状态为“关”时，系统将不对分子做其他处理，保留分子的原始构型。
离子异构。通过调整 pH 值范围，生成可能的离子化状态；
同分异构体。根据离子化状态，生成可能的同分异构体；
立体异构体。基于分子的手性特征，生成可能的同分异构体，也可以保留原有的状态。
异构体数量。 平台默认最多输出 5 个异构体。用户可以根据自己需要调整。
图 2. 异构体参数设置
- 力场选择
MMFF94. MMFF 是 Merck Molecular Force Field 的缩写，它是一个专业的小分子力场，是由 Hagler 开发的第二代分子力场，是目前最准确的力场之一。
UFF. UFF 是 Universal Force Field 的缩写，它是一个涵盖整个元素周期表的通用力场，该力场计算结构、结合能的计算结果精度一般，仅在找不到适合的力场时凑合用。
(3) 运行进度和结果查看
提交任务后，页面会自动跳入当前页面的“最近结果”子页面中，你可以在该页面查看当前模块的任务运行状态(进度条)，也可在右上角的“运行中“下拉框中查看所有模块正在运行的任务。当数据量较大时，系统会分批计算，因此只要有一批数据算完后(整个任务还在运行中)，即可点击“结果详情”按钮进入结果页面，查看当前已完成计算的预测结果列表(未完成计算的分子暂不显示)，并且可以在当前页面通过刷新来获取最新算完的数据。
图 3. 查看运行状态和结果
3. 结果分析
结果页面由顶部的 Summary、中部的列表组成。该结果页面相对比较简单，默认显示的为 2 列数据，分别为 ID 和结构。
图 4. 结果页面功能分布
(1) 表格中 ID 的含义
ID 是根据原始文件的分子顺序分配的。如任务不生成异构体的情况下，ID 为 1-N 的连续值；如任务选择生成异构体，则 ID 将为 X-Y 的组合，X 表示分子的顺序，Y 表示分子的异构体数量。Y 值越小，代表这个异构体存在的可能性越大。
(2) 显示/隐藏上传列
为平台的常规筛选。如果您上传的文件中还有其他信息，针对生成的异构体，我们将保留该分子的原始信息，你可通过【显示/隐藏上传列】的按钮来控制这些信息是否显示在列表中，默认情况下我们是不显示的，如果您想显示该信息，则只需勾选该信息前的复选框即可。
(3) 保存
点击“保存”，系统将弹出下拉框让你选择保存的文件格式(目前仅支持.csv/.sdf)。确定好保存的文件样式后，保存相应的数据为 sdf 或 csv 文件至数据中心。
(4)下载
点击“下载”，系统将弹出下拉框让你选择下载的文件格式(目前仅支持.csv/.sdf)。确定好下载的文件样式后，系统将下载相应的数据为 sdf 或 csv 文件至本地设备上。
(5) 创建新任务
创建新任务的前提是先保存数据为一个文件，在未执行保存操作之前，该按钮为禁用状态，当机遇结果保存了新的文件后，该按钮为可用状态。此时点击该按钮，系统将弹出下拉框让你选择需要计算的工，点击后页面将立即开一个新的标签页，并将你保存的数据集一并带过去，在调整参数后即可提交新的任务。
(6) 隐藏无效分子
针对 SMILES 错误或者后台无法解析的分子，算法无法进行正确的计算，在这种情况下，任务不受影响，但分子被定义为无效分子。用户可以通过“隐藏无效分子”的按钮，快速过滤掉该部分的分子。